A Messenger 2016-ban adta hozzá a funkciók tárházához a végponttól végpontig titkosított (E2EE) csevegést, amikor még Facebook Messenger volt a neve, és a Meta még Facebook volt.
Mostanra sok minden megváltozott, de a választható funkciót teljes mértékben mindenki számára elérhetővé tették, a szöveges üzenetek, valamint a csoportos csevegések és hívások titkosítására szolgáló kapcsolókkal. A Meta tárgyalt arról, hogy alapértelmezettként áttérnek az E2EE-re, de ez legkorábban jövőre történhet meg, mivel egyes szabályozók szerint ez ártana a közbiztonságnak.
A Messenger-felhasználók kétféleképpen választhatják a biztonságos csevegéseket: vagy az eltűnési móddal, amikor egy meglévő csevegésen felfelé húzva lépnek be egy olyanba, ahol az üzenetek automatikusan eltűnnek az ablak bezárásakor, vagy az eredeti verzióval, amelyet 2016-ban Titkos beszélgetések néven vezettek be.
