A Beeper Mini csupán néhány napja indult el a felhasználók nagy örömére, de nem tartott sokáig. Az Apple a felhasználók adatainak védelme és biztonsága érdekében úgy döntött, hogy blokkolja a Beeper Mini alkalmazást, mely már nem követeli meg, hogy bejelentkezzünk az iCloud-fiókba. A Beeper ugyanis kifejlesztett egy új csatlakozási módszert, melynek köszönhetően a Mini alkalmazás már közvetlenül az Apple szolgáltatásához csatlakozik.
A vállalat megvizsgálta ezt az új módszert, ami szerintük nem éppen túl biztonságos. Az Apple közleménye szerint spam- és adathalász támadásoknak vannak kitéve a felhasználók adatai. A Beeper azt állítja, hogy a titkosítás és az adatvédelem kompromisszumok nélkül működött, és a cég dokumentációja szerint senki sem tudja elolvasni az elküldött üzenetek tartalmát a feladón és a címzetten kívül, de az Apple ezt nem tudta ellenőrizni, és szerinte kockázatot jelent a felhasználók számára.