A Lunar Trailblazer a tervek szerint körülbelül 48 perccel az indítás után sikeresen elszakadt a rakétától, és ezután sikerült kapcsolatot teremteni vele. A kétirányú kommunikáció azonban másnap megszakadt, és a csapat nem tudta helyreállítani a kapcsolatot, a probléma állítólag a napelemek nem megfelelő pozíciójából adódtak, emiatt lemerültek az akkumulátorok.
A csapat azóta folyamatosan azon dolgozott, hogy helyreállítsák a kapcsolatot az eszközzel, ám végül ez nem sikerült, így a NASA bejelentette, hogy ezzel véget ért a Lunar Trailblazer küldetése. Az űrszonda egyébként eredetileg a Hold felszínén található víz nagy felbontású térképeinek elkészítésére lett létrehozva, de ezt végül nem sikerült megugrania.
