Yuri Kovalev, a műholdhoz kapcsolódó projekt vezetője szerint a hibát a napokban észlelték, amikor a földi irányítás szeretett volna aktiválni egy jeladót, a műhold azonban semmire sem reagált, és azóta sem sikerült helyreállítani vele a kapcsolatot, aminek az okát azóta sem tudják, de úgy vélik, hogy egy erősebb kozmikus sugárzás tehetett kárt az eszköz elektromos rendszerében.
Érdekesség azonban, hogy csak a kommunikációs szisztéma sérült, a műhold ugyanis működik, minden aktivált berendezése aktív, és szüntelenül küldi az adatokat, így az oroszok folyamatosan próbálkoznak, hogy visszavegyék felette az irányítást. A Spektr-R 2011 óta kering a világűrben azzal a célzattal, hogy a Tejútrendszer felől érkező rádiójelek után kutasson.